- «Ο Καγκελάριος μου έδωσε μια πολύ σημαντική αποστολή. Οι αυτονομιστές έχουν συγκεντρωθεί στο σύστημα Μούσταφαρ. Θα πάω εκεί για να τελειώσω αυτόν τον πόλεμο. Περίμενε με μέχρι να επιστρέψω ... τα πράγματα θα είναι διαφορετικά, το υπόσχομαι.»
- — Ο Άνακιν Σκαϊγουόκερ στη Πάντμε Αμιντάλα.
Ο Βέιντερ εξοντώνει τα μέλη του Αυτονομιστικού Συμβουλίου.
Στο τρίτο χρόνο του Πολέμου των Κλώνων, ο Νταρθ Σίντιους—ο Σκοτεινός Άρχοντας των Σιθ που δημόσια ήταν γνωστός ως ο Ανώτατος Καγκελάριος Πάλπατιν της Γαλαξιακής Δημοκρατίας—έστειλε το μαθητή του, Νταρθ Βέιντερ, σε μια αποστολή στο ηφαιστειογενή πλανήτη Μούσταφαρ για να σκοτώσει το Αυτονομιστικό Συμβούλιο, τους πλούσιους και ισχυρούς υποστηρικτές του αποβιώσαντα Κόμη Ντούκου και της Συνομοσπονδίας των Ανεξάρτητων Συστημάτων. Ο Σίντιους, ο οποίος μυστικά έλεγχε το Αυτονομιστικό Συμβούλιο ως μέρος της πλοκής του για να αναλάβει το γαλαξία, είχε στείλει το Αυτονομιστικό Συμβούλιο στο Μούσταφαρ υπό το πρόσχημα της προστασίας τους. Ωστόσο όταν ο Βέιντερ έφτασε εκεί, εξόντωσε όλα τα μέλη του Συμβουλίου για να φέρει το τέλος της αυτονομιστικής ανταρσίας κόντρα στη Γαλαξιακή Δημοκρατία. Την ώρα που ο Βέιντερ έφτανε στο Μούσταφαρ δημόσια ανακήρυξε τον εαυτό του Αυτοκράτορα και τη μετέτρεψε τη Δημοκρατία σε Γαλαξιακή Αυτοκρατορία.
Ο Βέιντερ επικοινώνησε με τον αφέντη του μετά την εξουδετέρωση του Αυτονομιστικού Συμβουλίου και ο σκοτεινός άρχοντας του είπε να απενεργοποιήσει τον Αυτονομιστικό Στρατό των Ντρόιντ. Με αυτή τη πράξη, ήρθε το τέλος του Πολέμου των Κλώνων. Η Γερουσιάστις Πάντμε Αμιντάλα, η σύζυγος του Βέιντερ, σύντομα έφτασε στο Μούσταφαρ για να φέρει τον Βέιντερ, ο οποίος υπήρξε ο Τζεντάι Άνακιν Σκαϊγουόκερ, πίσω στη φωτεινή πλευρά. Εκείνη απέτυχε και ο Βέιντερ άρχισε να μονομαχεί με τον Όμπι-Ουάν Κενόμπι, ένας αγώνας που άφησε το Βέιντερ με βάναυσα σημάδια και με ανάγκη μιας υποστηρικτικής πανοπλίας για το υπόλοιπο της ζωής του. Στα χρόνια που ακολούθησαν, μερικά προπύργια της Συνομοσπονδίας συνέχισαν να λειτουργούν σε όλο το γαλαξία, παρά το τέλος του πολέμου. Ο Αυτοκρατορικός Στρατός έψαχνε για αυτά τα προπύργια, ώστε να τα καταστρέψει και να απορροφήσει τη τεχνολογία τους στο αυτοκρατορικό καθεστώς.